Η Ευρωπαϊκή Ένωση παραδέχεται πως το νέο σύστημα συνόρων προκαλεί μεγάλες ουρές στα αεροδρόμια. Στη Μπρυξέλλες και σε πολλές πόλεις της Ευρώπης, το EES δημιουργεί σημαντικές καθυστερήσεις.
Η Ούρσουλα φον ντερ Λάιεν, Πρόεδρος της Ευρωπαϊκής Επιτροπής, αναγνώρισε τα προβλήματα στην Ιρλανδία. Τόνισε πως υπάρχει ακόμα πολλή δουλειά για την επίλυση τεχνικών δυσλειτουργιών στο EES. Το EES κατέγραψε για πρώτη φορά βιομετρικά και προσωπικά στοιχεία επιβατών από χώρες εκτός Ευρώπης.
Αεροδρόμια και αεροπορικές εταιρείες χαρακτήρισαν την εφαρμογή του συστήματος καταστροφική σε επιστολή τους. Επιβαίνοντες υποχρεώνονται να περιμένουν ώρες εκτός τερματικών, όπως φαίνεται σε πολλά βίντεο στο διαδίκτυο.
